Die im Gefolge der Reformation entfachten Bauernkriege führten zu einer Besetzung der Abtei und zur Leerung des damals größten Weinfasses der Welt, das nachfolgend zerfiel.
Der als Religionsstreit begonnene 30jährige Krieg brachte eine erneute Besetzung der Abtei und den Verlust eines großen Teils seiner Ausstattung sowie der Bibliothek.
Die Klostergründung im 12. Jahrhundert stand unter dem Vorzeichen der Reform des Klosterwesens und fand ihren Ausdruck in der eindrucksvollen Schlichtheit romanischer Architektur und im Verzicht auf alle Formen ornamentaler und schmückender Zutaten. Zentrale Gebäude wie die Basilika oder das Laiendormitorium haben bis heute diesen Raumeindruck bewahrt.
Die im Hoch- und Spätmittelalter neu entwickelten Möglichkeiten der gotischen Architektur wurden zur Umgestaltung von Räumen wie dem Mönchsdormitorium oder dem Kapitelsaal und zur Ergänzung von Grabkapellen längs des Südschiffes der Basilika genutzt.
In der Epoche des Absolutismus eiferten auch die Eberbacher Mönche der zeittypischen barocken Prachtentfaltung nach; es kam zur Umgestaltung historischer Bauten wie Mönchsrefektorium, Konversenbau und Pfortenhaus beziehungsweise zu neuen Raumschöpfungen wie Orangerie und Abtshäuschen.
Im Gefolge der französischen Revolution und der nachfolgenden Säkularisation des Kirchenbesitzes unter Napoleon hatte das Kloster den Abbruch von Kreuzgangflügeln für profane Verwendungen und die Verschleuderung nahezu seiner gesamten Ausstattung hinzunehmen.
Der im 19. Jahrhundert vorherrschende Zeitgeist des Liberalismus und Zweckrationalismus führte zu teilweise massiven Eingriffen in den Baubestand, vor allem in den Klausurgebäuden, die profanen Zwecken zugeführt wurden (Frauengefängnis, "Irrenanstalt", Viehstallung, landwirtschaflicher Pachtbetrieb).
Die Bau- und Nutzungsgeschichte des 20. Jahrhunderts war durch Kriegseinflüsse geprägt, die bis weit in die Nachkriegszeit hinein wirksam wurden. In dieser Zeit dienten große Teile der Abteianlage als Wohnstätte für Flüchtlingsfamilien. Seit 1986 wird die Anlage einer Generalsanierung unterzogen, die das Ziel der Substanzerhaltung, der Wiederherstellung historischer Raumsituationen und der Entwicklung verträglicher Gebäudenutzungen verfolgt.
Am 20. März 2010 fand im ehemaligen Laiendormitorium in Eberbach die Aufnahme des Klosters in die "Charte européenne des Abbayes et Sites Cisterciens" statt. Umrahmt wurde der Festakt von Musik des Eberbacher Zisterziensermönches und Komponisten P. Joseph Schmitt.
Gerade in den letzten Jahren treten auch zahlreiche deutsche Zisterzienserabteien dem in Frankreich ins Leben gerufenen Projekt bei.
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Ein intereuropäisches Netzwerk, das das europäische Abendland bereits seit der Antike zu einer Wertegemeinschaft geformt und trotz aller sprachlichen Hindernissen schon in der Frühzeit des Zisterzienserordens - im Bezug auf die Architektur - eine durchaus funktionierende Verständigung ermöglicht hat.
Die Stiftung
Seit 1998 befindet sich das Kloster Eberbach im Eigentum einer gemeinnützigen Stiftung öffentlichen Rechts, der "Stiftung Kloster Eberbach". Die Aufgaben der Stiftung orientieren sich am Gesamtziel der nachhaltigen Sicherung und Nutzung des Klosters.
Zisterzienser
Über die weitaus längste Zeit seines Bestehens, von 1136-1803, war Kloster Eberbach eine Abtei des Zisterzienserordens. Erst seit 200 Jahren befindet sich die Anlage in weltlichem Besitz.
Kunst und Kultur
Die auf Formenstrenge bedachte Orientierung der Zisterzienser äußerte sich zu Beginn der Ordensgeschichte in einem rigiden Verbot künstlerischer Ausstattungen und Ausschmückungen, insbesondere der Klosterkirchen. Dieser Verzicht sollte den Ablenkungen von der kontemplativen Einkehr und Zwiesprache mit dem Schöpfer vorbeugen.
Abtei-Museum
Im Obergeschoss des Nord- und Westflügels der Klausur ist das Abteimuseum Kloster Eberbach untergebracht, dessen Aufgabe es ist, die ehemalige Abtei unter ordens-, kultur- und vor allem kunsthistorischen Aspekten in einen erläuternden Kontext zu stellen.
