Die im Gefolge der Reformation entfachten Bauernkriege führten zu einer Besetzung der Abtei und zur Leerung des damals größten Weinfasses der Welt. Das Fass wurde später aus wirtschaftlichen Gründen nicht mehr genutzt und zerfiel.
Der als Religionsstreit begonnene Dreißigjährige Krieg brachte eine erneute Besetzung der Abtei und den Verlust eines großen Teils seiner Ausstattung sowie der Bibliothek.
In der Epoche des Absolutismus eiferten auch die Eberbacher Mönche der zeittypischen barocken Prachtentfaltung nach; es kam zur Umgestaltung historischer Bauten wie Mönchsrefektorium, Konversenbau und Pfortenhaus beziehungsweise zu neuen Raumschöpfungen wie Orangerie und Abtshäuschen. Im Gefolge der französischen Revolution und der nachfolgenden Säkularisation des Kirchenbesitzes unter Napoleon hatte das Kloster den Abbruch von Kreuzgangflügeln für profane Verwendungen und die Verschleuderung nahezu seiner gesamten Ausstattung hinzunehmen.
Der im 19. Jahrhundert vorherrschende Zeitgeist des Liberalismus und Zweckrationalismus führte zu teilweise massiven Eingriffen in den Baubestand, vor allem in den Klausurgebäuden, die profanen Zwecken zugeführt wurden (Frauengefängnis, »Irrenanstalt«, Viehstallung, landwirtschaflicher Pachtbetrieb). Die Bau- und Nutzungsgeschichte des 20. Jahrhunderts war durch Kriegseinflüsse geprägt, die bis weit in die Nachkriegszeit hinein wirksam wurden. In dieser Zeit dienten große Teile der Abteianlage als Wohnstätte für Flüchtlingsfamilien. Seit 1986 wird die Anlage einer Generalsanierung unterzogen, die das Ziel der Substanzerhaltung, der Wiederherstellung historischer Raumsituationen und der Entwicklung verträglicher Gebäudenutzungen verfolgt.
Am 20. März 2010 fand im ehemaligen Laiendormitorium in Eberbach die Aufnahme des Klosters in die »Charts européenne des Abbaues et Sites Cisterciens« statt. Umrahmt wurde der Festakt von Musik des Eberbacher Zisterziensermönches und Komponisten P. Joseph Schmitt. Gerade in den letzten Jahren treten auch zahlreiche deutsche Zisterzienserabteien dem in Frankreich ins Leben gerufenen Projekt bei. Aktuelle Nachrichten der Charte Cisterciens finden Sie hier.
(Fotos: Landesamt für Denkmalpflege)